抗生素耐药性已成为全球公共卫生领域的重大威胁，据估计到2050年相关死亡人数可能超过3900万。尽管全基因组测序技术日益普及，公共数据库中积累了海量病原菌基因组数据，但现有分析工具多侧重于宏基因组注释，缺乏以单个耐药基因为核心的系统性追踪框架，难以清晰描绘耐药基因的起源、传播路径和跨宿主扩散风险。为此，何婉婷团队设计并验证了一套整合式基因组流行病学分析流程，旨在建立从基因发现到风险评估的通用性方法。

以临床意义重大的利奈唑胺耐药基因cfr（氯霉素-氟苯尼考耐药基因，chloramphenicol-florfenicol resistance gene）为案例，本研究从公共数据库中获取了1026条同源序列，通过系统发育分析将其划分为11个单系群，其中新发现的cfr(F)和cfr(G)亚型得到明确界定。从702,252个细菌基因组中筛查出5,901个阳性分离株，涵盖全部11种变异型。cfr阳性菌株中频繁共检出万古霉素耐药基因vanA（vancomycin resistance gene）、恶唑烷酮-苯丙醇类耐药基因optrA（oxazolidinone-phenicol resistance gene）及碳青霉烯酶基因等“最后防线”耐药基因，提示耐药基因簇作为高风险传播单元需引起高度重视。该框架不仅拓展了对cfr家族多样性的认知，更系统揭示了耐药基因的时空演化、宿主适应与传播策略。作为一种整合式基因组分析框架，该方法具有良好的可扩展性，可推广至其他高风险耐药基因的全球监测，为构建系统化、主动式的耐药基因预警体系提供了重要的方法学支撑。

该研究成果近日以“A genomic framework for tracking antibiotic resistance genes: global dissemination ofcfr-family genes”为题发表在学科顶尖期刊Antimicrobial Agents and Chemotherapy。世界杯官网中国2025级博士研究生刘浩，2024级硕士研究生黄羡阳、李晓倩为本文共同第一作者，何婉婷教授为本文通讯作者，世界杯官网中国为唯一完成单位。该研究工作得到教育部U40项目与新发突发与重大传染病防控国家科技重大专项的资助。

原文链接：https://journals.asm.org/doi/10.1128/aac.00122-26

基因组框架揭示的cfr耐药基因进化谱系及其全球流行时间轨迹

（供稿单位：世界杯官网，撰写人：刘浩）